- 办公室（宣传教育科）
- 督察科
- 综合科（包头市生态环境保护委员会办公室秘书科）
- 科技科
- 法规与标准科
- 人事科
- 财务与项目管理科
- 自然生态保护科
- 水生态环境科
- 大气环境科
- 应对气候变化科
- 土壤生态环境科
- 固体废物与化学品科
- 核与辐射安全监管科
- 行政审批科
- 生态环境监测科
- 生态环境应急与信访科
- 机关党委（精神文明建设办公室）
财务与项目管理科
负责人：吴亚娜 联系电话：0472-5191210
承担全市生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作，牵头统筹全市大气、水、土壤等生态环境领域项目和资金管理工作，承担机关和直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。
