办公室（宣传教育科）
督察科
综合科（包头市生态环境保护委员会办公室秘书科）
法规与标准科
人事科
财务与项目管理科
自然生态保护科
水生态环境科
大气环境科
应对气候变化科
土壤生态环境科
固体废物与化学品科
核与辐射安全监管科
行政审批科
生态环境监测科
生态环境应急与信访科
科技科
机关党委（精神文明建设办公室）
大气环境科
负责人：王龙 联系电话：0472-5191302
负责全市大气、噪声、光、化石能源、机动车等污染防治的统一监督管理，建立对旗县区及有关部门大气环境质量改善目标落实情况考核制度，组织拟订重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。承担与京津冀等周边地区大气污染联防联控的组织协调落实工作，承担区域大气污染联防联控组织协调工作。