办公室（宣传教育科）
督察科
综合科（包头市生态环境保护委员会办公室秘书科）
法规与标准科
人事科
财务与项目管理科
自然生态保护科
水生态环境科
大气环境科
应对气候变化科
土壤生态环境科
固体废物与化学品科
核与辐射安全监管科
行政审批科
生态环境监测科
生态环境应急与信访科
科技科
机关党委（精神文明建设办公室）
自然生态保护科
负责人：曹鑫罡 联系电话：0472-5191305
组织起草包头市生态保护规划，开展全市生态状况评估，指导生态示范创建。承担包头市自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。监督生态系统保护修复、荒漠化综合防治等工作，组织开展有关重大生态修复工程生态环境成效评估。